Nerpio contiene un patrimonio vegetal singular, con una gran diversidad de plantas y hábitats. Las principales causas de esta riqueza radican en su elevada altitud, peculiar orografía y en la ubicación biogeográfica, constituyendo un lugar de transición entre las altas montañas béticas y los territorios manchegos-murcianos, más secos, de la parte oriental.
Como consecuencia, una parte significativa del territorio se encuentra incluida legalmente bajo diversas figuras de protección de ámbito europeo y regional, al igual que ocurre con la flora protegida y otras plantas de interés, representadas en este municipio por más de 115 especies vegetales.